Die Universitätsbibliothek verfügt auf Grund ihrer über vierhundertjährigen Geschichte über einen reichen Altbestand (ca. 200.000 Bände). Darunter befinden sich allein 313 Inkunabeln, fast 5.000 Drucke aus dem 16. Jahrhundert, nahezu 16.000 aus dem 17. Jahrhundert und 25.000 aus dem 18. Jahrhundert. Darüber hinaus ist der Bestand an alten schwedischen und finnischen Drucken bemerkenswert.

Von den während des zweiten Weltkrieges ausgelagerten Beständen fehlen ca. 20.000 Bände. Sie befinden sich heute zumindest teilweise in der Universitätsbibliothek Torun. Dazu gehören neben der Niederdeutschen Abteilung (1942 14.300 Bände) und der Bibliothek des Greifswalder Professors für Metaphysik und Logik Peter Ahlwardt (1710-1791) (über 3000 Bände), der Sammlung von Werken Ernst Moritz Arndts, zahlreiche Kupferwerke und Landkarten.
Einen besonderen Platz innerhalb des Altbestandes nehmen die Pomeranica ein. Sie sind über den Bestand verstreut aufgestellt.
Die Altbestände bis 1850 sind bereits vollständig im WWW-OPAC verzeichnet. Der Altbestand ist durch eine Gruppensystematik (Realkatalog) erschlossen, in der Literatur bis zum Erscheinungsjahr 1959 verzeichnet worden ist. Der gescannte Realkatalog ist im Internet verfügbar.

Die Bibliothek verfügt über mehrere Sonderbestände, die mehrheitlich vor 1945 angelegt worden sind. Nicht alle tragen Sondersignaturen. Einige sind lediglich vom übrigen Bibliotheksgut getrennt aufgestellt. Der bedeutendste Sonderbestand ist die Bibliothek Wolgast. Von den ursprünglich 938 Bänden aus der ehemaligen Bibliothek der St. Petri Kirche in Wolgast sind nach Vernichtung während der Auslagerung im zweiten Weltkrieg noch 554 Bände vorhanden. Die Ernst-Moritz-Arndt-Sammlung besteht heute aus mehr als 300 verschiedenen Ausgaben und Auflagen von Schriften Ernst Moritz Arndts sowie Sekundärliteratur. Die Thorild-Sammlung umfaßt 36 Ausgaben der Schriften von Thomas Thorild (eigentlich Thorén). Die Personalschriftensammlung Vitae Pomeranorum umfaßt nahezu 9.000 Drucke. Der Bestand an Zeitungen bis zum Erscheinungsjahr 1945 besteht aus über 470 Titeln. Unter den Dissertationen befinden sich bis zum Erscheinungsjahr 1900 65.000 Titel. Schließlich gehören zu den Sonderbeständen noch die Schul- und Universitätsschriften.

Handschriften

Die Universität verfügt über einen Bestand von mehr als 1600 Handschriftencodices und Konvolute (darunter über 50 mittelalterliche Handschriften) sowie über 6000 Briefe und Autographe.

Die Handschriften sind sachlich in Bandkatalogen erschlossen. Die meisten Kataloge liegen gedruckt vor.

Nachlässe

Die Nachlässe betreffen pommersche Persönlichkeiten. Greifswalder Professorenachlässe werden hauptsächlich im Universitätsarchiv aufbewahrt.

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